雲林溪人工溼地水質淨化場，位於雲林溪進入斗六市上游處，透過人工溼地的建置擷取部份污水經生物淨化分解後排放，減少雲林溪水體污染的負擔。
雲林縣政府於101年啟動整治計畫，總工程經費約49,970千元，於雲林溪旁側水岸公園內設置「雲林溪人工溼地水質淨化工程」，目標處理水量為300 CMD，並於101年12月底完工；採用自由表面水流式溼地系統(FWS)，達到淨化之成效。