淨化處理實場主要處理單元包括污水截流、機房送水、開放水域、植生密植區、VSB槽及巴歇爾水槽等。藉由沉降、過濾、吸收及微生物分解等作用將污染物加以截流或去除，以達成削減SS及BOD濃度淨化水質之目的。
得子口溪水質自然淨化處理實場以表面流式(FWS)自然淨化系統為主，以植栽浸潤床式(VSB)系統為輔，其處理方式為將污水截流後，經由機房送水至開放水域，開放水域溢流至植生密植區，植生密植區溢流至VSB槽，最終經巴歇爾水槽放流至得子口溪。
得子口溪水質自然淨化處理實場之設計污水進流量為2,000 CMD，針對SS削減率為90%以上，如進流水質50.8 mg/L，淨化後水質<10.0 mg/L；而BOD削減率為62.5%，如進流水質40 mg/L，淨化後水質25 mg/L。