場區主要處理單元包括取水口、沉砂池、進流抽水站、細目撈污機、礫間曝氣槽體、快濾與消毒系統及放流池等。主要由沉砂池去除進流水部分SS，經撈污機撈除體積較大之雜物，並經礫間曝氣槽單元礫石表面生物膜藉由好氧及缺氧狀態吸附、氧化污水中有機物質，改善水質，後經快濾及消毒系統，去除SS及放流水大腸桿菌等，最後放流至舊鹿港溪。
鹿港溪再現計畫-水質淨化改善，設計處理污水6,000CMD，針對民生污水，生化需氧量(BOD)平均去除率為70%、懸浮固體(SS)平均去除率為75%、氨氮(NH3-N)平均去除率為60.0%。