整體污水處理流程可分為集水單元、沉砂池、污水處理單元(三段式表面流人工濕地)及放流單元(生態池)。A區為北面之狹長型水道,引取新良排水(渠道1)以導流至東北方後以重力流往西南方流動,再經由原有濕地(生態池)後放流至卑南溪。B區則截流渠道2、3、3-1之污水,並經新良護岸之箱涵引流至B區,經濕地處理後放流至卑南溪。