污水由湳仔溝上游的排水箱涵接管接管引流至取水井，經攔污等初級處理後，以揚水泵浦抽取40,000 公噸/日的污水經輸水管線送至堤外，分流其中10,000 公噸/日的污水進入礫間接觸曝氣系統後，其餘30,000 公噸/日的污水則直接進入浮洲人工濕地位於鐵路橋下游的初沈池中，並以鐵路橋為分界，依其流動方向不同而區分為A系統(18,000 公噸/日)及B系統(12,000 公噸/日)兩個系統中，經過處理後之污水再進入大漢溪主河道。