主要乃利用河道可用之跌落處，使河水跌落至礫間接觸氧化處理設施內進行處理，處理後之放流水將由出水孔牆及溢流設施流出回到原河道下游端，再排入客雅溪主流。
入流口上游以蛇籠阻水，以提高水位。當南門溪流量超過設計流量時，多餘水量將直接由處理設施未經處理而直接往下游流出。