嘉義內溪洲現地處理抽取內溪洲排水線內的污水，於水門附近埋設進流管，以噴灑方式將水引入種有植栽的地表漫流區，使水在地表上形成地表逕流（薄層流），經所栽種植物之根系與土地的吸附處理後，於坡地末端設置放流礫石溝渠，匯集逕流水進入放流濕地區，水流最後以重力排回八掌溪。
103年嘉義內溪洲現地處理每日處理污水1,600公噸，生化需氧量(BOD) 平均去除率為41.9%，削減量約為14.6公斤/日；氨氮(NH3-N)平均去除率為18.2%，削減量約4.4公斤/日；懸浮固體物(SS)平均去除率為63.0%，削減量23.33公斤/日。