近年來，污染者付費對於民眾而言已是非常普及的概念，延伸這個觀念到自然環境的管理，各類污染排放到環境時，依其排放的污染量來收取，即藉由「經濟誘因」來抑制污染物排入水體。透過「污染者付費」，搭配「行政管制」手段，促使污染源降低污染排放量以加速改善水體環境。

依據91年5月22日修正公布之「水污染防治法」( 下稱水污法 ) 第11條規定，中央主管機關應向排放廢（污）水於地面水體之事業、污水下水道系統及家戶，依排放之水質水量，徵收水污染防治費（下稱水污費）。在水污法授權下，本部陸續訂定水污費收費相關子法，並自95年度起，逐年依法編列水污染防治基金預算送立法院審議，惟委員慮及水污費徵收恐對部分產業（如畜牧業）造成衝擊，故連續數年將基金預算刪減為新臺幣1,000元，致徵收作業遲未正式順利開展。

然而，近年來因發生多起社會關注之重大水污染事件，立法院決議落實污染者付費精神，行政院環境保護署應於103年度起應優先針對工業徵收水污費，且第一階段應先排除畜牧業，除化學需氧量、懸浮固體項目，更應納入有害健康物質如重金屬、毒性化學物質等。該年水污染防治基金預算審查通過，且在民意機關支持下，水污費徵收作業順利展開，並為減緩影響衝擊，採分階段徵收，各階段徵收應遵行事項已於「事業及污水下水道系統水污染防治費收費辦法」明定之。在水污費來源及用途方面，各級主管機關應依法設置特種基金，徵收所得之水污費將專款專用於各項水污染防治工作。

水污費之精神為「污染者付費」，期藉付費制度達成減少污染排放量之行為制約功能，相較於事業，一般家戶較無能力設置處理設施改善污水排放狀況，故徵收其水污費所能達到減少污染排放量之行為制約效果恐有其侷限性。下水道建設是縣市政府的責任，要徹底改善家戶污水排放，仍要透過提升污水下水道普及率來達成；惟公共污水下水道系統乃政府提供之公共建設服務，家戶無法自行決定污水下水道的興建與接管，倘針對所有家戶課徵水污費，如同懲罰家戶。基於前述考量，立法院於於107年6月13日奉總統令公布施行修正「水污染防治法」第11條及第44條相關規定，將家戶水污費徵收對象，修正為「地方政府依下水道法公告之下水道使用區域內，未將污水排洩於下水道之家戶」，並授權地方政府訂定收費自治法規及徵收家戶水污費，徵收所得全數歸入地方政府專用於污水下水道建設及改善生活污水等有關用途。水污染防治費徵收歷程簡述如圖1。