向事業及污水下水道系統徵收水污費所成立之水污基金，可支用作為「地面水體污染之整治與水質監測」、「飲用水水源水質保護區及水污染總量管制區水質之改善」、「水污染防治技術之研究發展、引進及策略研發」、「執行收費所需人員之聘僱」等與水污染防治工作有關之用途。而地方政府向「未接管家戶」徵收之水污費，則可支用於「污水處理廠及廢（污）水截流設施」、「水肥投入站及水肥處理廠」、「公共污水下水道系統主、次要幹管之建設及操作維護」、「廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設」、「執行收費及公共污水下水道系統建設管理相關工作所需人員之聘僱」等與民生污水處理有關之相關用途。
為妥善管理運用水污基金，本部於104年依法成立水污染防治基金管理會，遴聘有關機關（構）代表、學者、專家及民間團體代表擔任委員，委員任務包括基金收支、保管及運用之審議、基金年度預算及決算之審議、基金運用執行情形之考核等項目。有關水污染防治基金會議相關資訊已公開置於本部網站，可逕行下載參閱。