事業及污水下水道系統應繳納的水污費是每半年徵收1次的，業者應於每年1月及7月底前申報繳納前1期（半年）的水污費，水污費申報途徑如圖1。

為簡政便民及推動電子化作業，水污費申報方式以網路為主、書面為輔（申報作業流程如圖2）。配合網路申報作業，本部已建置「水污染防治費網路申報暨查詢系統」，該網路除提供申報水污費之基本功能外，另包括水污費之相關法令規定、收費方式、常見問答及最新訊息，方便申報對象查詢及了解相關資訊，俾利徵收作業之推動。

在繳費方式方面，水污費採用電子化繳費單，業者完成申報後於線上列印繳費單或匯款須知，即可至4大超商、農漁會信用部及各大金融機構(含實體ATM)繳費，或以網路方式(含網路ATM、網路銀行)繳費，以方便民眾繳費並提升帳務處理效率，繳費的通路整理如圖3所示。

有關水污費相關作業，本部已設置水污費徵收諮詢專線（02-27075158），如您有任何與水污費徵收的問題與建議，可撥打該專線電話，將有專人提供諮詢服務。